6. SELÇUKLULAR DÖNEMİ :
1071 'de Malazgirt Savaşı'nda Alparslan'a yenilen Bizans İmparatoru Romanos Diogenes salıverildikten sonra Bizanslılar tarafından Kütahya Kalesi'ne getiril­miş ve gözlerine mil çekilerek cezalandırılmıştır.
Anadolu Selçuklu Devleti'ni kuran Kutalmışoğlu Süleyman Şah, 1075'te İznik'i aldıktan sonra Kütah­ya ve yöresine akınlar düzenlemiş, 1078'de şehri ele geçirmiştir.
II. Yakup Çelebi İmaret Külliyesi
1097'de Haçlıların saldırısıyla Bizans'ın eline ge­çen Kütahya 1182'de Selçuklular tarafından geri alın­mıştır. 1186'da II. Kılıç Arslan ülkeyi 11 oğlu arasında paylaştırınca Kütahya Gıyaseddin Keyhüsrev'e düş­müş, çıkan karışıklıklar ve kardeş kavgaları sırasında 1196'da Kütahya tekrar Bizanslıların eline geçmiş, 1233'de Alaeddin Keykubad zamanında Anadolu Selçuklularına yeniden kazandırılmıştır
Kütahya'daki Hıdırlık Mescidi, Yoncalı Hamamı ve Camisi, Balıklı Camii ve Medresesi Selçuklu döne­mi eserlerindendir.

7. BEYLİKLER DÖNEMİ
I. Alaaddin Keykubad döneminde 1230'da Ana­dolu'ya gelen Germiyanoğlu Aşireti, Malatya yöresi­ne yerleştirilmiş olup 1240'ta Baba İshak ayaklanma­sında Selçuklulara yardım etmişlerdir. 1243 Kösedağ bozgunundan sonra artan Moğol baskısı karşısında Germiyanoğulları 1260'ta göç ederek Kütahya yöre­sine yerleşmiştir.
Ulu Camii
1277'de Anadolu Selçuklu Devleti'nin dağılma­sıyla Kütahya ve yöresi Germiyanoğullarfnın payına düşmüş, hızla gelişen Germiyanoğlu Beyliği, Batı Anadolu'nun en güçlü beyliği olmuştur. İlk beylerinin Alişir olduğu bilinmektedir. Alişiroğlu I. Yakup 1300'de bağımsızlığını ilan ederek Kütahya'yı baş­kent yapmıştır. 1340'ta yerine geçen oğlu Mehmet Bey döneminde gelişimini sürdüren Germiyanoğlu Devleti'nin başında 1361'de Süleyman Şah görün­mektedir. Bu dönemde Osmanlı Sultanı I. Murad'ın
Vacidiye Medresesi
oğlu Bayezid'e kızını veren Süleyman Şah, Kütahya, Simav, Emet ve Tavşanlı'yı kızı Devlet Hatun'un çeyi­zi olarak Osmanlılar'a vermiştir. (1381) Yıldırım Baye-zid 1389'a kadar Kütahya'da valilik yapmıştır. Süley­man Şah, Kula'ya çekildikten sonra 1387'de ölmüş, yerine oğlu II. Yakup Bey geçmiştir. Germiyanoğulla­rı Beyliği II. Yakup'un vasiyeti üzerine 1429'da Os­manlılara katılmıştır.
Kütahya'daki Germiyanoğlu eserleri arasında bu­gün Çini Müzesi olan II. Yakup İmaret Külliyesi, şimdi Arkeoloji Müzes olan Umur-Bin Savcı Medresesi ile İshak Fakih Camii ve Medresesi sayılabilir. Germiyan oğulları döneminde Yıldırım Bayezid'in Kütahya Valili­ği sırasında yapımına başlanan Ulu Camii XV. Yüzyıl­da Musa Çelebi döneminde tamamlanmıştır.